蛰伏于群山之中的一支导弹劲旅——东方旅，有着壮国威、振军威多次出色完成导弹发射任务的光荣历史面临转型任务的严峻挑战，36岁的博士旅长江昊带着一批经过刻苦磨砺的高学历军官，充实到了东方旅，而正团4年之久、面临提拔还是转业两种选择、时任东方旅代旅长的宋雨生改任副旅长。历经新旧模拟训练器材、训练观念的强烈碰撞，部队转型训练在艰难曲折中奋力跋涉。新型导弹首次试验发射失败，使东方旅背上了“掉弹旅”的沉重包袱。在统帅部精心设置的一次高技术局部战争的模拟考核中，东方旅遭受突袭，情况危急，江昊镇静自如，果敢指挥，率领官兵众志成城，出奇制胜，顺利加入了我军战备值班部队的序列。在多次演习和训练中，东方旅的官兵拼搏奋进，学习高科技，钻研高技术，用顽强勇敢的精神迎接高新技术的挑战，努力攀登军事科技高峰，克服重重困难，冲破传统思想障碍，一心谋打赢，成为保卫祖国安全、维护世界和平的导弹劲旅。新型导弹总设计冯媛媛在江昊身上寻找到了当代军人英武刚毅的气质和风度，彼此间纯洁无瑕的友情被江昊的妻子林静所误解。林静忿然向江昊提出离婚，但仍激情满怀编创着反映火箭兵生活的水上芭蕾，爱情、友情和事业的矛盾纠葛紧紧交织在一起……而副旅长宋雨生在“科技强军”的浪潮中，从自觉、自醒中逐渐意识到自己的弱点，苦钻高科技，重新崛起，成功地实现了向“知识型”军事指挥员的转变。江昊调离东方旅走上更重要的岗位。宋雨生成为东方旅旅长，以崭新的精神风貌去迎接新的战斗考验……

《导弹旅长》是一部都市情感剧，特效非常震撼，节奏缓慢有序，剧中音乐普遍得到了网友们的青睐，男主是一个很平易近人的人，该剧有一个有所“创新”的地方是，在很多时候，它将男女主角那种命定色彩给“暧昧化”了，尤其鲜明体现在它对“错过”这一场景的处理。