康熙年间，在一片太平盛世、国泰民安景象之下，却潜伏着种种危机，暗流涌动而这一切的一切，只是在等待一个时间，一个机会。随着岁月的洪流，将会一一浮出水面。康熙帝去少林寺找方丈密谈，方丈连夜叫七个徒弟，与康熙派的三位官员，护送一个宝盒去西域。这些问题密谈的二人和康熙的心腹大臣高官员外，再无他人知晓。也正是因为这个宝盒如此神秘，引起其它势力的猜测与躁动，首先惊动的便是太子党。索额图当夜陪康熙去少林寺与方丈见面，但密谈之时康熙让他与其他一干人等在少林寺外护驾，所以索额图并不知道这件事的详情。回宫后，索额图向太子禀报此事，引起了太子的极度恐慌。因为太子害怕此事与被流放到西域的一个妃子有关，恐对自己的登基之事不利，所以他一方面让索额图派小诸葛去抢截护送宝盒的队伍。另一方面派人去少林寺骚扰、威逼利诱，让方丈说出实情……
《少林寺传奇第3部》画面如诗如画，色彩棒极了，该剧泪点满满，情节揪心。独树一帜的奇幻风格、颇具特色的叙事手法、逼真写实的大片级视效，都是该片的看点。《少林寺传奇第3部》既有花前月下的缠绵爱情，又有感动满满的亲情，该剧贯彻着一种梦幻意味，恍惚间难以分辨是梦境还是现实。
