小智一行人在大树下打盹时，顽皮的波克比却没有和大伙一起入睡而跑出去玩耍，为了寻找走失的波克比，皮卡丘和所有的宝可梦们一起来到一个巨大的树林丛中，在里面遇见了电击怪，还认识了一大堆的新朋友，就在大家玩得很快乐的时候，突如其来的暴风雨，却让大伙陷入困境，宝可梦们要如何度过呢？
《精灵宝可梦：皮卡丘的探险队》是部设定相当疯狂的动画片，观众可从中观察到现实的真实生活也可看到对真善美的传递和描述。《精灵宝可梦：皮卡丘的探险队》完美的诠释了一个心灵的成长史，营造一个光怪陆离的世界，这部动画是导演最出色的佳作。故事简单而抽象，传递着最为真挚的情感，《精灵宝可梦：皮卡丘的探险队》有着对爱的探讨，童稚之爱的原则是：“因为我爱，所以我爱。”成熟之爱的原则是：“因为我爱，所以我被爱”。侧面反映出了勇敢的品质会得到奇异世界的尊重。
