19世纪末，汹涌澎湃的大时代，头脑灵光的科学少年让（日高のり子 音）带着自己发明的飞机参加巴黎万国博览会。在这个浪漫之都，情窦初开的少年邂逅了拥有者异国风情的神秘女孩娜蒂娅（鷹森淑乃 音）。她是某马戏团的招牌明星，渴望结识这名女孩的让，却意外卷入了一场惊险刺激的追逐战。一切始于娜蒂娅所佩戴的蓝宝石，这里面似乎隐藏着莫大的秘密，它连接着古老的亚特兰文明以及外星生命的方方面面，纯情的少男少女，就这样展开了关系着世界命运的冒险。暗潮涌动的世界里，他们的命运之丝紧紧缠绕在一起……
本片根据科幻小说《海底两万里》和《神秘之岛》改编。
《蓝宝石之谜 高清重制版》故事主线意义深远，动漫以浪漫色彩为核心，整体充满了爱与希望，配音让观众的带入感非常强烈，影片的设计散发着浓浓的法式情调。画风色彩浓重，角色设计手法独特，剧情在看似轻松诙谐的情节下献予了太多动人的感动，特效非常新颖，是一部大胆创想，打动人心的动画片。
