主人公·焰莲回到曾经住过的街道·神之原,感受到了违和感他确实应该在这条街道住过,却对那时的事情没有记忆。此时,莲的智能手机突然被安装了从没见过的游戏,其名为《怪物弹珠》。他带着从手机中飞向现实世界的怪物,在街道中展开了战斗!经过战斗,莲注意到了在自己体内沉睡的谜之记忆的正体,以及,怪物弹珠究竟是何物。与握有钥匙的水泽葵、影月明、若叶皆实一起,如今的莲正迈出通往谜团的一步,对于前方沉睡着无法想象的真相一事,仍然一无所知。
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