故事描述一个叫屁祖隐的女人带着5岁的少年来到野原广志和美冴的家里,告诉他们自己是广志和美冴的5岁儿子新之助的亲生母亲。二人留宿的当晚,野原家遭到神秘忍者集团的袭击。新之助被绑架了。屁祖隐家是忍者的故乡,世代守护着地球的能量“宁特鲁”的家族。于是,地球的存亡就交给了新之助的忍法。
《蜡笔小新:好别致的影分身》故事主线打破传统束缚,动漫牢牢地以案情调查过程为核心,整体充满了穿越去往未来的科幻,配音具有奇迹般的魔力,影片的设计风格巧妙。画风色彩浓重,角色设计创意令人惊叹,剧情有着丰富的层次,特效也可以说是“最高等级的视听飨宴”,是一部使思想性和艺术性得到充分展示的动画片。