2013年6月，与卜冠之合作出演由谭晶演唱的国内首部以茶文化为主题的MV《飘香》和同名微电影；9月，与韩庚、杰瑞米·埃尔卡伊姆出演由王超执导的同性爱情片《寻找罗麦》开拍，在片中饰演赵捷的女友朱莉
2014年1月，主演由高景文执导的舞台剧《白鹿原》，在剧中饰演了一个传统女性与新型女性之间的过渡女性田小娥；2月2日，与何晟铭合作出演的都市情感剧《爱的妇产科》在湖南卫视播出，菅纫姿饰演怀孕少女邓晓雨；3月6日，参演谭晶歌曲《飘香》MV；7月28日，主演吕小品执导的以苏州公安局便衣刑侦大队为原型的刑侦剧《刀之队》在北京影视频道首播，菅纫姿在剧中饰演了菜鸟女警谢小云；10月9日，搭档花昆主演为纪念蒋翊武先生英勇就义100周年的传记片《辛亥元勋蒋翊武》上映，她在片中饰演因父亲同情革命被学校开除的刘雯，该片入围第三十二届“百花奖”电影展；12月3日，与陈晓、陈妍希出演于正工作室拍摄的古装武侠剧《神雕侠侣》在湖南卫视首播，而她在剧中饰演了绝情谷侍女、公孙止的情人柔儿。
2015年1月10日，与钟汉良、唐嫣等人合作出演由刘俊杰执导的都市情感剧《何以笙箫默》在江苏卫视和东方卫视联合播出，她在剧中饰演单恋何以琛的何以玫；7月，与胡歌搭档主演由姜伟导演执导的当代职场商战剧《猎场》开拍，在剧中饰演了帮助男友郑秋冬渡过难关的同时情愫渐生的罗伊人；7月17日，菅纫姿与邱心志、唐艺昕出演由项海明、吉桥联合执导的古装爱情剧《上错花轿之三嫁奇缘》在宁波都市文体频道首播，她在剧中饰演了杨云友的情敌、张居正之女张希真。
2016年2月，与高云翔合作拍摄爱情喜剧片《爱我就说是》开拍，在片中饰演陈小可；2月24日，与陈伟霆、唐艺昕、魏大勋等出演的爱情剧《因为爱情有幸福》在湖南卫视金鹰独播剧场播出，菅纫姿在剧中饰演性格有些软弱，一直以丈夫的事业为先的苏玫；3月，与张鲁一、张赫合作出演的励志情感剧《新海》开拍，在剧中饰演了一个在经历多重波折后变得勇于担当且外柔内刚的坚韧女子秦念；6月20日，菅纫姿主演由王超执导的文艺片《幻想曲》上映，她在片中饰演为筹钱给父亲治病，经历从清纯到一步步走向卖淫道路的姐姐，该片入围第67届戛纳电影节一种关注单元；11月14日，出演由刘仕裕执导的都市爱情剧《待嫁十年》在湖南娱乐频道首播，她在剧中饰演了董晓芳；12月23日，与连凯、许绍雄等人合作主演陈蔚尔执导的惊悚悬疑片《失心者》在全国上映，她在片中饰演了由于自己小时候有着痛苦经历而时常被自己噩梦缠绕的艾青。
2017年1月17日，出演由林家川、马鸣联合执导的都市励志情感剧《合伙人》拍摄杀青，菅纫姿在剧中饰演了与朱亚文、郑元畅两人扮演角色发生剪不断理还乱的三角恋的辛晴；2月，与刘恺威、江一燕、热依扎合作拍摄了由郑晓龙担任艺术总监，许长军执导的都市剧《三个女人一台戏》开拍，该剧由于制片人、财务跑路，拖欠剧组工资等各类费用使得剧组暂停拍摄；9月，与任嘉伦、李曼、刘欢、何杜娟等合作出演由付宁、李昂执导的热血革命谍战剧《秋蝉》杀青，她在剧中饰演清泉纯子。10月，主演玄幻剧《问天录》。
