《夜尽天明》开篇便是大铁锤与隐蝠的激战，之后便是高渐离与雪女联手战胜了隐蝠，而此时，卫庄的手下黑麒麟已经化妆成大铁锤手下潜如墨家机关城黑麒麟打伤大师夺得机关城内部构造图交给卫庄，卫庄命令黑麒麟在机关城核心的中心水池下毒，之后，黑麒麟化妆成盖聂暗算徐夫子，不但下毒成功，而且使得高渐离对盖聂生疑，将其软禁在房间内。太阳升起，触动了黑麒麟下在水池中的鸩羽千夜，墨家机关城内顿时飘满毒气，墨家弟子死伤惨重。卫庄等人攻入机关城，与高渐离、端木蓉等人展开激战。而此时，天明、少羽、月儿三人进入墨家机关城禁地，闯过机关虎跳之后来到了袁飞处，由于少羽的恐高，天明在闯机关时与月儿一起不慎落入深谷，生死未卜。高渐离等人躲入墨家墨核，被卫庄团团围困，墨家正遭遇三百年来最大的浩劫……
《秦时明月2夜尽天明》故事主线尤为饱满，动漫温情为核心，整体充满了人类永恒不变的情感，配音堪称一绝，影片的设计时尚感爆棚。画风效果的确一流，角色设计完美无瑕，剧情看起来完全不幼稚或者沉闷，特效创意无比，又充满想象力，是一部有着童话般纯真美好的动画片。
