世界上发生大规模地球人消失事件,进次郎和玲奈也同时消失了。消失的进次郎和玲奈被传送到了位于卫星轨道的外星人飞船上。\n自由记者光太郎因为调查“消失事件”之谜知晓了太多,后来惨遭灭口。但有人不希望光太郎就这样死去,于是复活了光太郎。复活后的光太郎变成了超人。\n外星人恐怖组织“黑暗之星”向世界发出了声明。他们以人质为要挟,要求获得地球公民的权益。科特队为了救出人质,与“黑暗之星”的外星人展开了激烈的战斗。佐菲、杰克、艾斯也赶来帮助科特队解救人质。这一次奥特6兄弟,全员到齐!\n金古桥降临在涩谷大肆破坏城市。进次郎为了救出所有人质,他团结起大家的力量,众人齐心协力打败了金古桥。金古桥内部的人质也都全部成功获救。
《机动奥特曼 第二季 日语版》故事主线是典型的黑暗童话风格,动漫围绕奇幻童话为核心,整体充满了对学术的认真劲,配音宛如天籁,影片的设计美妙到让人着迷。画风动态效果非常逼真,角色设计能将人代入其中,剧情既温柔又带着点幽默,特效大片质感,是一部诱发着对青春真切深思的动画片。