一个拥有权力的外侨克科尔(JAVKOR)将成为纽约最大的非法外侨交易商MiB正在接近他，但是Javkor有一个秘密武器，一个名叫维罗尼亚的性感外星人。她引诱了帕格狗弗兰克，这样他就能把贾维尼的一伙人带进米布安全的金库，那里保存着银河系中最强大的武器。弗兰克为维罗尼亚而努力，因为她把他当作弓弦。与此同时，MiB似乎是骗局背后的一步，不知道弗兰克正在出卖他们……还是他们?弗兰克最终把坏人偷偷溜进了MiB的地下室，但是凯和杰在里面等着，他早就想出了Javkor的计划。Javkor、Veronica和其他的外星人团伙被抓获，他们的计划被破坏了。面对维罗尼卡的真相，弗兰克伤心欲绝，但凯和杰却安慰他，他带他出去吃牛排，让他高兴起来。
《黑衣人第3季》故事主线造出了完美的视觉效果，动漫以穿越时空为核心，整体充满了童真和童趣，配音发挥了真正的实力，影片的设计散发着浓浓的法式情调。画风娴熟完美，角色设计造型奇异，剧情处处发散出幽默感，特效创意无比，又充满想象力，是一部耐人寻味且值得省思的动画片。
