半年前的一连串遭遇,彻底改变了三年级小学生高町奈叶(田村由香里配音)的人生,她以魔法少女的身份邂逅了可爱的小伙伴尤诺·斯克莱亚(水桥香织饰),并通过连番激战与深锁着无数秘密和烦恼的菲特·泰斯特罗莎(水树奈奈配音)成为莫逆好友。新学期开始,菲特以小学生的身份转入奈叶的班级,一切看似进入了平稳期。克就在某个毫无征兆的夜晚,奈叶和菲特遭到手持暗之书的维塔(真田麻美配音)等三名违法渡行者的袭击,她们的魔导器也被破坏。新的危机,新的对手,一切朝着不可预知的方向发展……
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